KSI：面向TB级别的DNA序列匹配软件库

• 作者: 吕慧伟 李旭 谭光明 赵喜全
• 来源期刊: 高技术通讯
• 关键词: 生物信息学 k-mer匹配 DNA序列处理 应用程序编程接口
• 年，卷（期）: 2015,（12）
• 所属期刊栏目: 计算机与通信技术
• 页码范围: 997-1004
• 页数: 8页
• 字数: 6364字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3772/j.issn.1002-0470.2015.12.001

摘要

为了满足对不同物种进行DNA序列分析的需求和适应DNA序列数据的快速增长，针对目前DNA序列分析软件大都各自实现一套序列存储和查询功能，工作重复且没有考虑并行性、扩展性和分布式系统或环境的缺陷，基于DNA序列分析的基本操作k-mer匹配，设计并实现了一个面向 TB 量级的 DNA 序列匹配软件库———k-mer 查找接口（ KSI）。 KSI提供了一套分布式环境下的编程接口，并且针对生物计算领域的DNA序列匹配进行优化。实验显示，KSI为DNA序列匹配提供了一个高效的解决方案。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李旭	中国科学院计算技术研究所高性能计算机研究中心	48	370	9.0	18.0
2	谭光明	中国科学院计算技术研究所高性能计算机研究中心	16	34	4.0	5.0
3	赵喜全	中国科学院计算技术研究所高性能计算机研究中心	2	10	1.0	2.0
7	吕慧伟	中国科学院计算技术研究所高性能计算机研究中心	2	1	1.0	1.0