转录本组装与质量评价

• 作者: 刘益平 贾先波 赖松家 邓飞龙 陈仕毅
• 来源期刊: 生物工程学报
• 关键词: 转录组 第二代测序 组装软件 转录组测序
• 年，卷（期）: 2015,（9）
• 所属期刊栏目: 综述
• 页码范围: 1271-1278
• 语种: 中文
• DOI: 10.13345/j.cjb.140508

摘要

转录本组装是基于第二代测序技术研究转录组的关键环节,其质量好坏直接影响到下游结果的可靠性,也是目前的研究热点与难点.转录本组装方法可以分为Genome-guided和de novo两类,它们在理论基础与算法实现方面各有优劣.转录本组装质量的高低依赖于PCR扩增错误率、第二代测序技术准确率、组装算法和参考基因组完整性等方面,而现有的算法还无法完全处理由这些因素带来的影响.本文从转录本组装方法与软件、影响组装质量的因素和对组装质量的评价指标等方面进行讨论,以期能指导纯生物学家对分析软件的选择.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	赖松家	四川农业大学畜禽遗传资源发掘与创新利用四川省重点实验室	105	645	14.0	20.0
2	刘益平	四川农业大学畜禽遗传资源发掘与创新利用四川省重点实验室	72	787	16.0	24.0
3	陈仕毅	四川农业大学畜禽遗传资源发掘与创新利用四川省重点实验室	29	157	5.0	12.0
4	贾先波	四川农业大学畜禽遗传资源发掘与创新利用四川省重点实验室	18	20	3.0	3.0
5	邓飞龙	四川农业大学畜禽遗传资源发掘与创新利用四川省重点实验室	1	4	1.0	1.0