鼠伤寒沙门菌ATCC13311诱导耐药株的转录组测序和分析

• 作者: 代兴杨 冯帅 曾明华 李琳 杨艳菲 汪莹
• 来源期刊: 中国兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 鼠伤寒沙门菌ATCC13311 氟喹诺酮 耐药性 转录组测序
• 年，卷（期）: 2015,（7）
• 所属期刊栏目: 人兽共患病
• 页码范围: 1088-1094,1111
• 分类号: S852.61
• 语种: 中文
• DOI: 10.16303/j.cnki.1005-4545.2015.07.12

摘要

为研究鼠伤寒沙门菌ATCC13311和其诱导耐药株在转录组水平上的差异,使用环丙沙星为诱导药物,采用梯度浓度诱导法,诱导鼠伤寒沙门菌ATCC13311产生耐药性.构建ATCC13311和其诱导耐药株TW4的转录组测序文库并进行Illumina RNA-seq双向测序及数据分析.诱导获得ATCC13311对环丙沙星MIC值为4 mg/L的耐药菌TW4.测序获得了4.46 G有效数据,通过de novo拼接,获得了311条unigene,平均长度为15 587 bp.拼接所得到的全序列长度为4 847 532 bp,经预测4 998条基因中有4 902条得到GO注释.采用COG功能将注释基因划分为25类.初步确定TW4有3 434个基因表达量显著上升,32个基因表达量显著下降,7条代谢途径表达差异显著.利用转录组测序技术对鼠伤寒沙门菌ATCC13311和其诱导耐药株TW4进行研究,揭示了鼠伤寒沙门菌耐药性诱导前后差异表达的基因和显著变化的代谢途径,为深入研究细菌耐药分子机制及与细菌代谢途径之间的联系提供重要依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	曾明华	安徽农业大学动物科技学院	50	364	11.0	16.0
2	李琳	安徽农业大学动物科技学院	37	343	9.0	18.0
3	汪莹	安徽农业大学动物科技学院	5	63	4.0	5.0
4	代兴杨	安徽农业大学动物科技学院	5	19	2.0	4.0
5	杨艳菲	安徽农业大学动物科技学院	4	19	2.0	4.0
6	冯帅	安徽农业大学动物科技学院	3	23	3.0	3.0