小偃麦异附加系 TaXTH 基因的克隆与生物信息学分析

• 作者: 宋静 封德顺 李全权 王洪刚 田秋菊 郭庆东 高居荣 黄春丽
• 来源期刊: 山东农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 小偃麦异附加系 TaXTH 基因克隆 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2015,（7）
• 所属期刊栏目: 生物技术?遗传育种?种质资源
• 页码范围: 1-6
• 页数: 6页
• 分类号: S512.903.4
• 字数: 3827字
• 语种: 中文
• DOI: 10.14083/j.issn.1001-4942.2015.07.001

摘要

本研究运用 GeneFishing 技术，从经过 PEG －6000模拟干旱处理的小偃麦异附加系种质 SN6306的 cDNA 中获得了一个长度为586 bp 的上调表达差异片段7154。通过 NCBI 数据库相似性比对，预测其为木葡聚糖内转糖苷酶／水解酶基因（XTH）的一段序列。经克隆和 RT －PCR 获得 TaXTH 的全长 cDNA 和 DNA 序列，对其核酸和蛋白序列分析的结果表明，TaXTH 全长 DNA 序列为2224 bp，含有3个外显子和2个内含子；其开放阅读框（ORF）长度为936 bp，编码311个氨基酸。BlastP 分析结果显示，TaXTH 属于 GH16蛋白家族。相似性比对分析结果表明，该蛋白与小麦近缘物种二穗短柄草中的同源蛋白一致性达到79％。从多序列联配及系统进化树分析结果中推断 TaXTH 属于 XTH 类，具有典型的 DEIDFEFLG 保守基序。