基于线粒体基因COX1、Cytb和ND4的鲑科鱼类的系统发育

• 作者: 孙毅
• 来源期刊: 畜牧与饲料科学
• 学科: 生物学
• 关键词: COX1 Cytb ND4 鲑科 系统发育 近缘关系
• 年，卷（期）: 2015,（9）
• 所属期刊栏目: 基础科学
• 页码范围: 9-17,61
• 页数: 10页
• 分类号: Q244|Q959.4
• 字数: 3130字
• 语种: 中文

摘要

研究基于生物信息学的方法以36种鲑科鱼类的线粒体基因COX1、Cytb和ND4为材料对其系统发育信息效率进行分析.用Clustal W软件进行对比,然后用MEGA 6.06软件分析DNA序列差异,并生成系统发育树.选择胡瓜鱼(Osmerus mordax)、香鱼(Plecoglossus altivelis)作为外群,用邻接法(neighbor-joining method,NJ法)和最大似然法(maximum likelihood,ML法)重建系统发育树,随后,统计节点支持率并进行分析.脊椎动物线粒体DNA的不同区域的进化速率不同,线粒体各个基因的系统发育信息表现也有所不同.系统发育树表明,最早分化的一枝是白鲑亚科(Coregonidaeinae),处于祖先位置,鲑亚科(Salmoninae)和茴鱼亚科(Thymallinae)互为姐妹群.在鲑亚科中,形成单系群的有聚集在一起的鲑属(Salmo),组成姐妹群的有红点鲑属(Salvelinus)和大麻哈鱼属(Oncorhynchus).细鳞鲑、多瑙哲罗鲑、哲罗鲑等淡水鱼种类处于系统发育树的基部位置,与距离方法—NJ法构建的系统进化树进行对比,发现系统发育树的拓扑结构完全一致,但是利用ML法构建的系统发育树的节点支持率都有不同程度的下降,尤其是在茴鱼属(Thymallus)和白鲑属(Core gonus)、柱白鲑属(Prosopium)、北鲑属(Stenodus)的部分节点,支持率从100～79下降到41,但与NJ法构建的系统发育树比较,属、种亲缘关系程度没有明显变化.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	孙毅		2	10	1.0	2.0