K562细胞DHRS4 L1基因新选择性剪接亚型的克隆及二级结构预测

• 作者: 周蓓 徐广健 李一凡 李蓉 杜冀晖 王磊 罗玮 麦丽文 龚慧
• 来源期刊: 医学分子生物学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: DHRS4L1 非编码RNA 选择性剪接 二级结构
• 年，卷（期）: 2016,（2）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 68-72,77
• 页数: 6页
• 分类号: R394.3|R730.264
• 字数: 3280字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3870/j.issn.1672-8009.2016.02.002

摘要

目的： K562细胞DHRS4L1[ dehydrogenase／reductase （ SDR family） member 4 like 1]的表达及其二级结构分析。方法以K562细胞cDNA为模板， PCR扩增DHRS4[ dehydrogenase／reductase （ SDR fami-ly） member 4]基因簇Ea2转录本。将PCR产物A-T克隆至pGEMT-Easy质粒，对质粒进行DNA Sanger测序。将测序所得序列用NCBI ORF finder分析是否存在编码区，用Clustal Omega分析RNA序列系统树，用RNAfold web server分析RNA最小自由能二级结构。结果用RT-PCR和Sanger测序方法发现， K562表达DHRS4L1 Ea2转录本，未检测到其表达DHRS4L2[dehydrogenase／reductase （SDR family） member 4 like 2] Ea1转录本。 K562表达的DHRS4L1 Ea2至少有8种选择性剪接亚型（ KU058702、 KU058703、 KU058704、KU058705、 KU058706、 KU058707、 KU058708、 KU058709），其中6种为首次发现。 KU058702、 KU058703、KU058704、 KU058705和KU058707第二外显子受到多种形式的选择性剪接，恰好仅影响第2臂的二级结构，不影响其他臂的二级结构，提示这些不同亚型的二级结构有一定相似性，第二外显子所对应的二级结构臂可能在区分不同 DHRS4L1亚型功能中发挥关键作用。结论研究发现 K562细胞至少表达8种DHRS4L1选择性剪接亚型，为长链非编码RNA。其二级结构分析为后续研究DHRS4L1在白血病细胞中的潜在功能奠定基础。