基于核酸杂交的病毒基因组特异性纯化富集方法的初步研究

• 作者: 刘林 张硕 李伟红 李建东 李德新 梁米芳 王利静
• 来源期刊: 中华实验和临床病毒学杂志
• 关键词: 病毒基因组 纯化 富集 二代测序
• 年，卷（期）: 2016,（2）
• 所属期刊栏目: 技术方法
• 页码范围: 212-215
• 页数: 4页
• 字数: 3674字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.issn.1003-9279.2016.02.025

摘要

目的 探索实验室高通量检测前临床样本中病毒核酸特异性纯化富集的方法.方法 以负链RNA病毒发热伴血小板减少综合征病毒(SFTSV)为模拟样本,针对病毒基因组S、M和L三个片段设计杂交探针,并进行5'端生物素修饰,与链霉亲和素修饰磁珠共价结合,纯化样本中SFTSV核酸,比较研究特异性纯化富集对样本二代测序效果的影响.结果 cDNA文库制备时全转录组扩增前或后进行特异性富集纯化均较不开展富集纯化有显著改善,有效数据比例分别为5.57％、6.39％、2.71％,差别具有显著性(x2=9 799.8,P＜0.001).对全转录组扩增前或后进行特异性富集纯化对测序结果进行比较分析时发现,扩增后进行纯化优于扩增前(P＜0.001).结论 基于核酸杂交的病毒基因组特异性富集纯化方法可有效降低二代测序中背景值,提高测序效率,具有高通量检测前特异性纯化富集样本的作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	梁米芳	中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所	52	102	5.0	8.0
2	李建东	中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所	24	135	5.0	11.0
3	刘林	中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所	7	23	2.0	4.0
4	王利静	中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所	1	2	1.0	1.0
5	李伟红	中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所	1	2	1.0	1.0
6	张硕	中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所	21	35	3.0	5.0