毛竹 bZIP 转录因子的基因结构与进化分析

• 作者: 卢学琴 张庆波 徐刚 曹颖 胡尚连 龙治坚
• 来源期刊: 森林与环境学报
• 学科: 农学
• 关键词: 毛竹 bZIP转录因子 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2016,（1）
• 页码范围: 54-61
• 页数: 8页
• 分类号: S718.46
• 字数: 4875字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13324/j.cnki.jfcf.2016.01.009

摘要

以毛竹基因组数据库中的107个编码bZIP转录因子的基因为材料，对其进行系统发育分析，筛选得到了A、 D和S亚族的bZIP家族成员，并对其基因结构、适应性进化、与水稻基因对之间的进化分歧时间及蛋白质同源建模等进行生物信息学分析。结果表明，毛竹A、 D和S亚族共有47个bZIP家族成员，其中A亚族18个， D亚族16个， S亚族13个。基因结构分析表明，3个亚族中内含子数量为0－16个，而且D亚族基因的内含子—外显子组成比A亚族和S亚族更为复杂。适应性进化分析表明，3个亚族总体上处于净化选择压力之下； A、 D和S亚族的平均进化分歧时间分别为279．0，265．6和202．9 Mya；47个毛竹bZIP蛋白质主要以α－螺旋为主，且D亚族的三级结构比A和S亚族复杂。