奶牛乳房炎链球菌GapC蛋白的生物信息学分析与重组表位疫苗设计

• 作者: 刘成艳 刘祥 同韩虎 吴三桥 孔智翔 殴莎莎 陈春琳 陈琛
• 来源期刊: 江苏农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: 奶牛乳房炎 链球菌 GapC蛋白 蛋白结构 细胞表位
• 年，卷（期）: 2016,（4）
• 所属期刊栏目: 畜牧兽医?水产养殖
• 页码范围: 824-831
• 页数: 8页
• 分类号: S858.23
• 字数: 4107字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-4440.2016.04.018

摘要

为设计奶牛乳房炎链球菌GapC蛋白的多表位串联疫苗，进一步提高 GapC蛋白的免疫效果，采用DNAMAN、MEGA软件分析GapC的同源性与系统发生，结果显示，不同种类链球菌亲缘关系均较近，尤其是与奶牛乳房炎有关的链球菌亲缘关系更近。利用在线软件预测GapC为亲水性蛋白，存在多个酶切位点；采用SignalP 4.1与TMHMM Server v.2.0软件预测GapC无信号肽和跨膜结构，定位于细胞表面；SOPMA服务器预测GapC二级结构中含无规则卷曲30.36％，α-螺旋33.93％，β-转角12.50％，β-片层23.21％。采用Swiss-Model预测的GapC三级结构与二级结构相符。利用ABCpred和BepiPred方案，预测GapC存在5个B细胞表位。运用神经网络与量化矩阵法预测GapC具有1个CTL表位。使用MHC-Ⅱ类分子结合肽在线程序预测显示GapC具有1个Th表位。采用DNASTAR Protean软件重组GapC抗原表位，设计获得抗原性较好的GapC重组表位多肽。