生物信息学分析肾透明细胞癌相关分子标志物及其关键通路

• 作者: 伍尤华 李雪峰 陈临溪
• 来源期刊: 中南医学科学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 肾透明细胞癌 生物信息学 肿瘤标志物 信号通路
• 年，卷（期）: 2016,（5）
• 所属期刊栏目: .基础医学.
• 页码范围: 481-485,493
• 页数: 6页
• 分类号: R737.11
• 字数: 3823字
• 语种: 中文
• DOI: 10.15972/j.cnki.43-1509/r.2016.05.001

摘要

目的：生物信息学可以从基因组相关数据库中获取海量数据,从而系统、全面地揭示肿瘤的发生、发展的规律。本研究通过生物信息学分析肾透明细胞癌( clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)相关分子标志物及其调控的关键通路。方法从TCGA网站下载ccRCC RNA测序数据,运用生物信息学方法比较ccRCC及其配对癌旁组织两者差异表达基因,接下来通过DAVID分析ccRCC形成的关键通路。另外,通过对一部分代表性基因进行ROC曲线与生存曲线分析探讨其对ccRCC诊断及预后的价值。结果我们筛选到3318个ccRCC高表达基因及2817个ccRCC低表达基因。发现ccRCC高表达基因主要涉及信号通路有signal、Secreted、disulfide bond、acute phase等。ccRCC低表达基因主要涉及信号通路有glycoprotein、ion transport、Sodium transport、signal等。通过ROC曲线分析发现CA9、FABP6、NDUFA4L2、CRP、BIRC7、CCL18对ccRCC均有很好的诊断价值。同时发现FABP6作为一个ccRCC高表达新基因,其表达量的高低与ccRCC患者中位生存时间的长短明显相关( P＝0.0048)。结论我们通过生物信息学筛选了一批ccRCC新的肿瘤标志物,这为肾透明细胞癌诊断、预后及后续靶向治疗研究提供了基础。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈临溪	南华大学药物药理研究所	67	432	12.0	18.0
2	伍尤华	南华大学附属第一医院肿瘤内科	22	72	5.0	6.0
3	李雪峰	南华大学附属第一医院肿瘤内科	2	5	1.0	2.0