肾透明细胞癌关键候选基因和通路的生物信息学分析

• 作者: 祝恒成 肖菲
• 来源期刊: 现代泌尿外科杂志
• 关键词: 肾透明细胞癌 生物信息学分析 差异表达基因 蛋白互作网络 核心基因
• 年，卷（期）: 2020,（12）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 1117-1123,1133
• 页数: 8页
• 分类号: R737.11
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1009-8291.2020.12.017

摘要

目的 运用生物信息学方法筛选及鉴定肾透明细胞癌(ccRCC)相关的潜在靶基因及信号通路.方法 在GEO网站搜索基因芯片GSE40435、GSE53757、GSE46699和GSE16441的数据集,用GEO2R识别ccRCC和正常肾组织之间的差异表达基因,并对4组数据的共同差异表达基因进行聚类分析.然后用DAVID网站对差异基因进行基因本体(gene ontology)分析和KEGG通路富集分析,最后用STRING网站和Cytoscape软件构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络,同时从中筛选出最具有意义的模块及核心基因.结果 与正常肾组织相比,共计101个基因在4组ccRCC中差异表达,其中33个基因高表达,68个基因低表达.基因本体分析显示大部分差异表达基因在脂质代谢、跨膜转运、通道活性和胞外区中显著富集,信号通路分析表明差异表达基因在代谢和黏附分子信号途径中有共同的通路.从PPI网络中共挑选出的10个核心基因全部都参与黏着斑信号通路.结论 被鉴定出的10个核心基因很可能在ccRCC的发病过程中发挥重要的作用,这些基因可能成为治疗的新靶点.