问号钩端螺旋体GGDEF和EAL/HD-GYP结构域蛋白生物信息学分析

• 作者: 丁士标 严杰 孔亮亮 林旭瑷 肖国辉
• 来源期刊: 中国人兽共患病学报
• 学科: 医学
• 关键词: 问号钩端螺旋体 环二鸟苷酸 鸟苷酸环化酶 磷酸二酯酶
• 年，卷（期）: 2016,（2）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 109-113
• 页数: 5页
• 分类号: R377
• 字数: 4002字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-2694.2016.02.002

摘要

目的 分析问号钩端螺旋体(钩体)环二鸟苷酸(Cyclic dimeric-GMP,c-di GMP)调节相关的GGDEF和EAL/HD-GYP结构域蛋白生物信息学结果,为后续的功能研究奠定基础.方法 PSI BLAST方法分析编码GGDEF和EAL/HD-GYP结构域蛋白的基因;利用相应生物信息学软件对蛋白信号肽序列、跨膜序列、蛋白结构、同源性进行分析并构建目的蛋白进化树.结果 问号钩体中22个蛋白分别含有GGDEF或EAL/HD-GYP结构域,多数蛋白均有感受器结构域和跨膜区.7个具有PAS输入感受器的GGDEF结构域蛋白进化较为独立,位于单独的一个分支,其余6个GGDEF结构域蛋白则分散在不同的分支上.4个EAL结构域蛋白和2个HD-GYP结构域蛋白进化上也较为独立,分别处于同一进化分支.3个GGDEF和EAL结构域耦合的蛋白在进化关系上更趋向于PDE活性蛋白.结论 钩体具有多拷贝的合成和降解c-di-GMP相关蛋白编码基因,表明在钩体中c-di-GMP网络具有高度复杂性,同时反映出钩体对环境条件的改变具有复杂的应对机制.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	严杰	浙江大学医学院病原生物学系	265	1149	14.0	20.0
2	林旭瑷	浙江大学医学院病原生物学系	28	47	4.0	5.0
3	丁士标	浙江省杭州市红十字会医院检验科	4	2	1.0	1.0
7	肖国辉	浙江大学医学院病原生物学系	2	3	1.0	1.0
8	孔亮亮	浙江大学医学院病原生物学系	4	3	1.0	1.0