基于高通量测序技术的实验动物沙门氏菌检测方法的建立与评价

• 作者: 余陈欢 应华忠 张欢欢 胡毅翔 金晓音
• 来源期刊: 中国比较医学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 沙门氏菌 实验动物 高通量测序
• 年，卷（期）: 2016,（10）
• 所属期刊栏目: 技术方法
• 页码范围: 72-78
• 页数: 7页
• 分类号: R-33
• 字数: 4453字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969.j.issn.1671-7856.2016.10.014

摘要

目的：建立基于高通量测序技术的实验动物沙门氏菌检测方法，应用于实验动物沙门氏菌的检测。方法提取小鼠粪便DNA样本，分别针对16S rDNA区域、23S rDNA区域、16S～23S rDNA IS、23S～5S rDNA IS、gyrB优选区域设计通用引物，对各个引物进行测试分析，优化扩增条件并建库，利用Illumina高通量测序技术检测区分42个样本中的沙门氏菌，评价该方法的特异性和稳定性。结果筛选发现沙门氏菌的菌种分类优选区域为gyrB基因，gyrB基因引物序列为FP5’-AACCACCGCAATCAGACCTT3’，FP5’-AGCCACGAAACCTTCACYA-3’。对引物进行优化，确定最佳扩增条件及样品上样量并正式建库，通过高通量测序和序列分析能检测出42个样品中极微量的沙门氏菌，检测方法稳定，灵敏度高，检测限可达0～102的cfu。结论本实验利用高通量测序技术，建立了一套完整检测实验动物沙门氏菌的生物体系，能检测出实验动物体内极微量的沙门氏菌，检测方法稳定性好，灵敏度高，可沿用至其他种类病原微生物的检测。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	余陈欢	浙江省医学科学院浙江省实验动物与安全性研究重点实验室	36	102	6.0	8.0
2	胡毅翔	浙江省医学科学院浙江省实验动物与安全性研究重点实验室	9	39	3.0	6.0
3	应华忠	浙江省医学科学院浙江省实验动物与安全性研究重点实验室	21	46	4.0	4.0
4	金晓音	浙江省医学科学院浙江省实验动物与安全性研究重点实验室	9	38	4.0	6.0
5	张欢欢	浙江省医学科学院浙江省实验动物与安全性研究重点实验室	11	37	3.0	5.0