基于高通量测序的猪鞭虫雌、雄虫差异基因表达分析

• 作者: 周作勇 徐婷婷 胡世君 邵骜骏 陈家磊
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 猪鞭虫 转录组 基因注释 差异表达基因
• 年，卷（期）: 2016,（9）
• 所属期刊栏目: 预防兽医
• 页码范围: 1914-1923
• 页数: 10页
• 分类号: S852.73
• 字数: 6374字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2016.09.021

摘要

为了探明猪鞭虫(Trichuris suis)雌、雄虫的转录组差异,丰富T.suis转录组数据信息,利用Illumina Hiseq 2000对临床采集的T.suis雌、雄虫进行高通量测序,将组装得到的Unigenes在NR、GO、COG和KEGG数据库中比对注释,并进行差异表达基因分析.结果,T.suis雌、雄虫分别获得59 657 854条和48 414 184条高质量测序数据,分别组装获得21 026个和28 886个Unigenes.注释到NR、GO、COG和KEGG数据库的雌虫Unigenes数量分别为11 700、2 287、1 650和9 690个,雄虫Unigenes数量分别为12 902、2 414、1 791和10 377个,在NR数据库比对显示84.90％以上信息均来源于猪鞭虫.T.suis雌、雄虫共有4 320个差异表达基因.以雌虫为对照,雄虫中共有3 496个基因表达上调,有824个基因表达下调.共有906个差异表达基因获得160个KEGG通路富集,其中显著富集通路7个.在T.suis转录组中发现了许多重要基因的表达,包括与T.suis繁殖相关的主要精子蛋白、组蛋白H2A/H2B及卵黄蛋白原,与T.suis致病性、免疫及炎症调节相关的蛋白酶、丝氨酸蛋白酶抑制分子和半胱氨酸蛋白酶抑制分子,以及众多未知功能的基因.本研究揭示了T.suis雌、雄虫差异表达基因的数量,获得了这些差异表达基因的功能、分类和代谢通路注释,为丰富T.suis转录组信息,揭示鞭虫与宿主互作特点及抗鞭虫靶点药物研发奠定基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	周作勇	西南大学荣昌校区动物医学系	57	206	8.0	11.0
2	徐婷婷	西南大学动物科技学院	6	13	2.0	3.0
3	陈家磊	西南大学动物科技学院	4	26	2.0	4.0
4	胡世君	西南大学荣昌校区动物医学系	34	151	6.0	11.0
5	邵骜骏	西南大学荣昌校区动物医学系	1	2	1.0	1.0