海洋微生物宏基因组暗物质性质分析

• 作者: 张光亚 易志伟 曾润颖 蔡征文
• 来源期刊: 计算机与应用化学
• 学科: 医学
• 关键词: 海洋微生物 宏基因组 暗物质 氨基酸组成 主成分分析
• 年，卷（期）: 2016,（12）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 1313-1318
• 页数: 6页
• 分类号: Q936|Q938|R857
• 字数: 4642字
• 语种: 中文
• DOI: 10.16866/j.com.app.chem201612015

摘要

宏基因组存在大量基因无法注释,被称为“暗物质”.对暗物质所编码的蛋白结构和功能的认知,不但有助于对其功能的注释,也有助于这些资源更好地开发利用.本文通过将两个取自热液口附近的海洋微生物宏基因组未注释的蛋白与数据库已注释蛋白进行差异比较,并对其性状进行相关分析,结果发现两样本与常温嗜压菌蛋白质组性状类似,而与嗜热嗜压菌差异显著:谷氨酸、赖氨酸、酪氨酸含量较低,天冬酰胺、谷氨酰胺、苏氨酸、丝氨酸含量较高;另外Cvp-bias、ERK两参数同样存在明显差异.主成分分析结果表明,谷氨酸因子系数为-0.3,与PC1成负相关,相关系数0.908;谷氨酰胺、丝氨酸均为0.3,与PC1成正相关,相关系数分别为0.914、0.955,说明PC1主要体现的是温度特征,PC2则存在复合因素的影响,在温度相当的情况下能反映压力的差异.据此可推测两个样品中已经注释的蛋白质与常温嗜压蛋白性状更接近,而未注释的蛋白则与之存在差异,暗示其可能存在一些新的嗜极机制.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	曾润颖	国家海洋局第三海洋研究所海洋生物遗传资源重点实验室	37	494	12.0	21.0
2	张光亚	华侨大学生物工程与技术系	88	491	10.0	20.0
3	蔡征文	华侨大学生物工程与技术系	5	3	1.0	1.0
4	易志伟	华侨大学生物工程与技术系	8	19	3.0	4.0