相似性比对预测蛋白质亚细胞区间

• 作者: 张梁 徐焕良 王雄飞 薛卫 赵南
• 来源期刊: 微生物学通报
• 关键词: 亚细胞区间 KNN BLAST 蛋白序列特征
• 年，卷（期）: 2016,（10）
• 所属期刊栏目: 生物实验室
• 页码范围: 2298-2305
• 语种: 中文
• DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150862

摘要

[目的]对蛋白质所属的亚细胞区间进行预测,为进一步研究蛋白质的生物学功能提供基础.[方法]以蛋白质序列的氨基酸组成、二肽、伪氨基酸组成作为序列特征,用BLAST比对改进K最近邻分类算法(K-nearest neighbor,KNN)实现蛋白序列所属亚细胞区间预测.[结果]在Jackknife检验下,数据集CH317三种特征的成功率分别为91.5％、91.5％和89.3％,数据集ZD98成功率分别为93.9％、92.9％和89.8％.[结论]BLAST比对改进KNN算法是预测蛋白质亚细胞区间的一种有效方法.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张梁	江南大学粮食发酵工艺与技术国家工程实验室	86	530	12.0	16.0
2	徐焕良	南京农业大学信息科学技术学院	79	651	14.0	23.0
3	薛卫	南京农业大学信息科学技术学院	24	120	6.0	10.0
5	赵南	南京农业大学信息科学技术学院	5	27	3.0	5.0
6	王雄飞	南京农业大学信息科学技术学院	3	15	2.0	3.0