利用SSR分子标记研究国内外黍稷地方品种和野生资源的遗传多样性

• 作者: 乔治军 刘敏轩 张琦 张茜 王瑞云 连帅 陆平
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 黍稷 地方品种 野生种 SSR标记 遗传多样性
• 年，卷（期）: 2016,（17）
• 所属期刊栏目: 专题:谷子黍稷耐逆与遗传多样性
• 页码范围: 3263-3274
• 页数: 12页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2016.17.002

摘要

【目的】从分子水平研究国内外黍稷种质资源的遗传多样性差异，为黍稷种质资源的研究、保护和利用提供依据。【方法】用不同地理来源且性状差异显著的6份黍稷种质资源对来自高通量测序技术开发的黍稷基因组SSR引物进行筛选，从而获得条带清晰，稳定性好的63对SSR黍稷基因组引物，利用这63对SSR多态性引物对来自国内外的192份黍稷地方品种和野生种质进行遗传多样性分析。统计各试材在同一引物中的条带情况，并以此来分析试材的遗传多样性与所在群体间的亲缘关系。【结果】63对SSR引物共检测出161个等位变异位点，平均每个SSR位点2.56个；平均Shannon-Weaver指数（I）为0.6275，平均基因多样度（Nei）为0.3874，平均PIC值为0.4855。10个不同地理来源群体间表现出显著的遗传多样性差异，各群体的有效等位变异变化范围较窄，最小的是南方群体，为1.2407±0.4315；最大的是内蒙古高原群体，为1.8846±0.4892。国内群体Shannon-Weaver指数为内蒙古高原＞东北地区＞黄土高原＞西北地区＞南方地区，而国外Shannon-Weaver指数排序依次为前苏联＞欧洲＞蒙古＞印度＞美国。从Nei’s基因杂合度分析，观察杂合度(Ho)最小的是印度群体，为0.2372±0.2962，最大的是内蒙古高原群体，为0.3966±0.3250。期望杂合度（He）最小的是美国群体，为0.3114±0.2203；最大的是内蒙古高原群体，为0.4622±0.1862。从国外种、国内栽培种和国内野生种3个大群体来看，野生种质资源有效等位基因数（1.9285±0.5101）、Shannon-Weaver指数（0.6948±0.2852）、Nei基因多样性指数（0.4373±0.1773）远大于国外种和国内栽培种。而对国内外两大群体而言，国内资源的有效等位基因数（1.8145±0.4519）、Shannon-Weaver 指数（0.6657±0.2413）和 Nei 基因多样性指数（0.412±0.1574）均大于国外资源（1.6862±0.4527、0.5897±0.2469、0.3652±0.1655）。UPGMA聚类分析结果显示，10个地理群聚为三大类，内蒙古高原地区、黄土高原地区、东北地区、西北地区、蒙古地区聚为一类，前苏联、美国、印度、欧洲地区聚为一类，南方地区单独聚为一类。其中，来自东北黑龙江齐齐哈尔的泰来小野糜（34号）在截距0.37处被独立分为一支，来自甘肃的野黍子（19号）在截距0.34处被分为独立个体，表明这两个材料与其他材料遗传差异较大。但从整体遗传多样性上来看192份材料国内外群体遗传分化不明显，群体间的亲缘关系较近，且不同群体间材料存在着互相渗透。【结论】内蒙地区、东北地区、黄土高原地区种质资源遗传多样性最丰富，是遗传关系最为复杂的地区，进一步印证了中国是黍稷起源的中心。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张茜	中国农业科学院作物科学研究所	53	563	14.0	22.0
2	王瑞云	山西农业大学农学院	23	249	8.0	15.0
3	张琦	中国农业科学院作物科学研究所	16	55	4.0	7.0
4	陆平	中国农业科学院作物科学研究所	22	251	8.0	15.0
5	乔治军	山西农业科学院品种资源研究所	4	35	3.0	4.0
6	刘敏轩	中国农业科学院作物科学研究所	15	168	8.0	12.0