整合冠心病风险SNPs功能及分子网络特征筛选疾病易感基因

• 作者: 何月涵 史宇晨 周艳艳 姜晶 朱莉娜 李琬 谢瑞强 陈彬彬 黄昊
• 来源期刊: 现代生物医学进展
• 学科: 医学
• 关键词: 功能SNPs PPI网络 分类 易感基因
• 年，卷（期）: 2016,（19）
• 所属期刊栏目: 生物信息学
• 页码范围: 3767-3770
• 分类号: R541.4
• 语种: 中文
• DOI: 10.13241/j.cnki.pmb.2016.19.044

摘要

目的:冠心痛(Coronary Heart Disease,CHD)是一种由多因素(遗传因素、环境因素以及它们之间的相互作用)引起的复杂疾病.本文从遗传因素和分子互作模式识别新的冠心痛易感基因.方法:结合冠心痛群体遗传SNPs数据和PPI数据,通过群体遗传数据的风险评估、功能SNPs的判定和PPI网络基因的分类,以功能SNPs属性、网络拓扑属性和基因功能属性为特征,利用两步分类的方法筛选新的冠心病易感基因.结果:获得了69个新的冠心病易感基因,其中43个被文献证实与冠心病的发生发展密切相关,且识别的新的易感基因注释的KEGG通路中有很多是已知的易感基因所没有注释到的,如MAPK signaling pathway,Calcium signaling pathway,Focal adhesion和Chemokine signaling pathway等,其中Chemokine signaling pathway被证实是CHD发展的关键通路.结论:应用本文提出的整合筛选策略,能识别与冠心病相关的新的易感基因,可为冠心病的预防、诊断和治疗提供新的研究方向.