异养硝化菌Alcaligenes faecalis NR氨单加氧酶PCR扩增及生物信息学分析

• 作者: 安强 程丹阳 赵彬 黄源生
• 来源期刊: 微生物前沿
• 学科: 地球科学
• 关键词: 异养硝化 粪产碱杆菌 氨单加氧酶 三级结构
• 年，卷（期）: 2017,（2）
• 页码范围: 44-51
• 页数: 8页
• 分类号: X1

摘要

氨单加氧酶(AMO)是异养硝化过程中起催化作用的关键酶之一,其相应的基因为amo。本研究根据NCBI数据库中amo基因序列设计引物,成功扩增粪产碱杆菌Alcaligenes faecalis NR基因组DNA中amo基因序列,得到长度为1639bp的DNA序列。该段序列包含1个完整的开放阅读框(ORF),编码长度为346aa的多肽链。经过BLAST在线比对分析,该序列为AMO蛋白质序列。该蛋白序列分子量大小为36.7kDa,是碱性蛋白也是疏水性蛋白。此外,AMO也是跨膜蛋白,有12个跨膜区。采用串线法成功构建AMO三级结构模型,模型置信度为98.6%。模型显示AMO含有一个镍原子结合位点。拉氏图表明,AMO模型位于最佳区域的氨基酸残基所占比例为94.9%,这说明模型构象良好。上述研究可为深入了解异养硝化过程中的关键酶提供参考。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	安强	重庆大学城市建设与环境工程学院	16	86	6.0	8.0
2	赵彬	重庆大学城市建设与环境工程学院	39	352	9.0	18.0
3	黄源生	重庆大学城市建设与环境工程学院	2	0	0.0	0.0
4	程丹阳	重庆大学城市建设与环境工程学院	1	0	0.0	0.0