基于高通量测序的不同养殖系统下凡纳滨对虾肠道和水体中微生物的多样性

• 作者: 于晓清 刘洪军 叶海斌 李乐 樊英 王晓璐 盖春蕾
• 来源期刊: 广西科学院学报
• 学科: 农学
• 关键词: 高通量测序 凡纳滨对虾 肠道菌群 微生物多样性
• 年，卷（期）: 2017,（4）
• 所属期刊栏目: 海洋水产学
• 页码范围: 261-267,273
• 页数: 8页
• 分类号: S966.12|S917.1
• 字数: 4783字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13657/j.cnki.gxkxyxb.20170818.003

摘要

[目的]研究不同养殖系统对凡纳滨对虾肠道及水体微生物多样性的影响.[方法]以循环养殖系统和非养殖系统下凡纳滨对虾养殖水体及其肠道为研究对象,在养殖30 d后采集样品,采用Illumina MiSeq高通量测序样品细菌16S rRNA基因V3+V4区,通过RDP11.3、Greengenes13.8、NCBI 16S Microbial和Custom-ized batabase等数据库进行分析,阐述循环养殖系统的意义和微生物在其中的作用.[结果]养殖期间,不同养殖系统凡纳滨对虾均正常存活.将原始序列优化后对Clean序列进行分析,非循环系统下水体优质序列百分比约81%,肠道中约89%;循环系统下水体优质序列百分比为92%,肠道中为94%.两种养殖系统下水体和肠道细菌在纲水平占绝对优势的是变形菌纲,但各菌群丰度不同;不同的Alpha指数显示出物种间的差异性;通过系统发育树可以看出,不同养殖系统改变了凡纳滨对虾生境中的物种及发育关系,间接阐述微生物在养殖生境中的作用和意义.[结论]通过高通量测序揭示不同养殖系统中微生物菌群的差异以及多样性,对于凡纳滨对虾实际养殖具有指导作用,对阐述养殖过程中微生物和相关疾病的关系具有重要意义.