miRNA与疾病关联关系预测算法

• 作者: 刘晓燕 王诗鸣 田侦 郭茂祖
• 来源期刊: 软件学报
• 学科: 工学
• 关键词: microRNA 疾病 关联分析 二分网络投影 聚类
• 年，卷（期）: 2017,（11）
• 所属期刊栏目: 复杂环境下的机器学习研究专刊
• 页码范围: 3094-3102
• 页数: 9页
• 分类号: TP18
• 字数: 3733字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13328/j.cnki.jos.005351

摘要

microRNAs(miRNAs)在生命进程中发挥着重要作用.近年来,预测miRNAs与疾病的关联关系成为一个研究热点.当前耐算方法整体上可以分为两大类:基于相似度度量的方法和基于机器学习的方法.前者通过度量网络中节点之间的关联强度预测miRNA-疾病关联,但需要构建高质量的生物网络模型;后者将机器学习相关算法应用到这个问题中,但需要构建高可信度的负例集合.基于以上困难和不足,提出了一种计算模型BNPDCMDA,用于预测miRNAs-疾病关联关系该方法首先构建miRNA-疾病双层网络模型,然后利用miRNA的功能相似度对其进行基于密度的聚类,进而将二分网络投影应用于聚类后的miRNAs及疾病集合构成的miRNA-疾病双层子网中,最终完成对miRNA与疾病关联关系的预测.实验结果表明,采用留一交叉验证法得到的AUC值可达99.08％,明显优于当前其他高效方法.最后,采用BNPDCMDA方法对某些常见疾病所关联的miRNAs进行预测,实验结果获得了文献的支持,进一步表明了该方法的有效性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘晓燕	哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院	35	237	8.0	14.0
2	郭茂祖	北京建筑大学电气与信息工程学院	18	49	4.0	6.0
3	田侦	哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院	2	7	2.0	2.0
4	王诗鸣	哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院	1	5	1.0	1.0