家鸽粪便细菌多样性的高通量测序分析及其环境意义

• 作者: 尚健 曹慧 李传海 李立峰 聂文芳
• 来源期刊: 南京农业大学学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 鸽粪 高通量测序 细菌多样性 致病性细菌
• 年，卷（期）: 2017,（1）
• 页码范围: 116-122
• 分类号: Q938.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.7685/jnau.201604014

摘要

[目的]研究家鸽粪便细菌群落组成与结构特征,明确鸽粪中病原微生物主要类群,探究鸽粪微生物多样性与环境风险之间的关系.[方法]以规模化养殖场家鸽粪便为试验材料,采用Illumina MiSeq高通量测序方法分析了3个养殖场鸽粪(HP、WB和HH)细菌16S rDNA(V3V4)多样性及其环境意义.[结果]3个鸽粪样品共获得大约12万条有效序列,在Cutoff值为0.03水平上进行可操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)归类,HP、WB、HH分别有4 215、3 672和2 446个OTU类型,Shannon指数为5.00～6.17;VEN图比较分析表明,3个鸽粪样品中微生物种群组成较为一致,细菌共有13个门、31个纲、55个目、101个科和164个属,以拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)为主,覆盖了92％以上的物种数.优势菌属为Myroides、Pseudomonas、Sphingobacterium、Sporosarcina、Erysipelothrix、Oceanisphaer,约占总类群的48.5％ ～ 54.6％,且鸽粪中存在18.1％细菌16S rDNA序列未能归类.鸽粪中存在大量的好氧微生物,约占总类群的52％,然而,仅有11％的厌氧微生物.此外,发现鸽粪中含有Myroides、Sphingobacterium、Pseudomonas、Erysipelothrix、Acinetobacter 5种致病性微生物菌属.[结论]鸽粪中存在高度丰富的微生物多样性,有一定的传播禽类病原微生物的环境风险.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	尚健		2	3	1.0	1.0
2	聂文芳		6	5	1.0	2.0