甘蔗花叶病毒2个山东分离物的全基因组序列分析

• 作者: 原雪峰 李向东 田延平 程德杰 闫志勇 黄显德
• 来源期刊: 植物病理学报
• 学科: 农学
• 关键词: 全基因组序列 系统发育分析 重组分析 甘蔗花叶病毒
• 年，卷（期）: 2017,（3）
• 所属期刊栏目: 细胞生物学、生理学、生物化学、分子生物学
• 页码范围: 357-363
• 页数: 7页
• 分类号: S432.41
• 语种: 中文
• DOI: 10.13926/j.cnki.apps.000106

摘要

甘蔗花叶病毒(Sugarcane mosaic virus,SCMV)是引起我国玉米矮花叶病的主要病毒.本文从山东泰安采集到2个表现矮花叶症状玉米样品的分离物(命名为DWK1和DWK2),通过RT-PCR扩增全基因组片段并测定了其序列(GenBank登录号分别为KU171814和KU171815).序列分析结果表明,DWK1和DWK2基因组全长分别为9 575和9 576个核苷酸(nucleotides,nt),开放阅读框均为9 192 nt,编码3 063个氨基酸的多聚蛋白.DWK1和DWK2的全基因组核苷酸一致率为81.7％,DWK1与山西分离物SX(AY569692)的核苷酸一致率最高,为90.9％;DWK2与河北分离物BD8 (JN021933)核苷酸一致率最高,达99.4％.二者在系统进化树中分别被聚类到Ⅰ组和Ⅳ组.重组分析发现,DWK1是HN(AF494510)、Guangdong(AJ310105)和BD8 3个分离物的重组体.选择压力分析表明,SCMV 11个蛋白的dN/dS值都小于1,均处于负选择,但在P1、P3和CP中存在正选择位点.本研究结果可为甘蔗花叶病毒株系的监测及防控提供理论指导.