一种基于仿真的预测癌细胞致死基因的方法

• 作者: 许扬 郑浩然
• 来源期刊: 北京生物医学工程
• 学科: 医学
• 关键词: 约束建模 基因敲除 特异网络 致死基因 肾透明细胞癌
• 年，卷（期）: 2017,（6）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 591-596
• 页数: 6页
• 分类号: R318
• 字数: 5155字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-3208.2017.06.007

摘要

目的 癌细胞致死基因的研究是治疗癌症的重要尝试,其发现依赖于生物学上的基因敲除实验.鉴于此类实验的高代价、长周期等不足,本文给出一种基于计算机仿真的预测癌细胞致死基因的方法,旨在运用计算机仿真技术预测对癌细胞研究有价值的信息,为基因敲除的生物实验提供线索,帮助降低实验成本.方法 计算机仿真实验基于人类全基因组代谢网络,融合癌细胞的基因表达数据,用一种基于约束建模的方法,以预测癌细胞代谢网络中有活性的反应,并将这些反应命名为"core reactions",将"core reactions"作为输入,重构出一致的癌症工作网络.在该网络上,使用基于约束的流量平衡基因敲除算法,获取使得工作网络biomass产量为0的基因,即致死基因.结果 以肾透明细胞癌为例,根据上述算法,计算结果给出了肾透明细胞癌潜在的7个致死基因.结论 本文给出一种高通量数据结合代谢网络,构造癌症特异网络,并通过计算机仿真基因敲除以获取癌细胞致死基因的方法.此方法通用、高效,有助于更好地开展生物学实验.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	郑浩然	中国科学技术大学计算机科学与技术学院	59	470	10.0	21.0
2	许扬	中国科学技术大学计算机科学与技术学院	1	1	1.0	1.0