前列腺癌基因表达谱芯片的生物信息学分析

• 作者: 吴松 王书鹏 蔡志明
• 来源期刊: 安徽医科大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: 前列腺癌 基因表达谱 生物信息学
• 年，卷（期）: 2017,（2）
• 所属期刊栏目: 基础医学研究
• 页码范围: 199-202
• 页数: 4页
• 分类号: R737.25
• 字数: 2871字
• 语种: 中文
• DOI: 10.19405/j.cnki.issn1000-1492.2017.02.010

摘要

目的 利用生物信息学方法分析前列腺癌基因表达谱芯片,研究前列腺癌差异表达基因的功能及调控网络.方法 采用GEO数据库中获取的前列腺癌基因表达谱芯片数据,利用R软件及affy、limma、pheatmap、ggplot2等R软件包进行数据挖掘及生物信息学分析.结合生物信息学工具DAVID、GeneMANIA对差异表达基因及其调控网络进行分析.结果 共筛选出前列腺癌与癌旁组织差异表达基因56个,表达上调15个,表达下调41个,前列腺癌与癌旁组织的差异表达基因被富集到不同的子集.其中cav1、slc16a2、cav2、slc16a5、magi2、ptrf、pdlim5、lmod1、abcc6等9个基因被富集到"细胞功能"分类下的"细胞膜组分"子集中,其中cav1、cav2、ptrf影响细胞膜内陷囊状结构的功能,可能在前列腺癌发生发展中发挥重要作用.结论 前列腺癌与癌旁组织的差异表达基因之间存在复杂的调控网络,生物信息学可以从中提取有效信息,为前列腺癌分子机制研究提供思路及数据基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	吴松	深圳大学附属罗湖医院泌尿外科	3	3	1.0	1.0