特发性肺纤维化相关基因的筛选和生物信息学分析

• 作者: 邢静 郭禹标 黄鑫炎
• 来源期刊: 中山大学学报（医学科学版）
• 学科: 医学
• 关键词: 特发性肺纤维化 差异表达基因 生物信息学
• 年，卷（期）: 2017,（6）
• 所属期刊栏目: 信息研究
• 页码范围: 926-930,937
• 页数: 6页
• 分类号: R563.9
• 字数: 2840字
• 语种: 中文

摘要

[目的]通过生物信息学的方法发现特发性肺纤维化(IPF)的致病基因并为进一步研究提供靶点.[方法]从GEO数据库中下载基因芯片数据集GSE53845、GSE24206、GSE10667,并使用GEO2R分析工具筛选出正常组织与IPF的差异表达基因.在DAVID数据库中对差异表达基因进行GO分析和KEGG通路富集分析,以便找到IPF发病过程中差异表达基因主要参与的生物功能及其集中的信号通路.为了研究差异表达基因与蛋白之间的作用关系,使用STRING和CYTO?SCAPE软件来构建蛋白相互作用网络,使用MCODE软件来提取蛋白相互作用网络中的子网络模块.[结果]发现了110个差异表达基因,其中有92个在IPF中高表达,18个低表达.GO富集分析表明IPF中上调的差异表达基因主要影响细胞粘附、生物粘附、胶原蛋白代谢等相关的生物过程,富集的分子功能主要参与细胞外基质结构的构成、钙离子的结合;IPF中下调的蛋白则主要涉及感觉调节的生物过程.KEGG通路分析表明IPF中上调的差异表达基因主要参与受体相互作用、细胞粘附等信号通路.[结论]利用生物信息学筛选出差异表达基因,其中部分基因已被证实参与IPF,部分基因尚未有研究,提示其可能是IPF发病机制研究新的研究靶点.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	郭禹标	中山大学附属第一医院呼吸内科	52	251	8.0	11.0
2	黄鑫炎	中山大学附属第一医院呼吸内科	12	78	5.0	8.0
3	邢静	中山大学附属第一医院呼吸内科	2	3	1.0	1.0