基于GEO芯片数据库的结肠癌易感基因挖掘

• 作者: 丁烨 何青芳 景方圆 李迎君 范春红 钟要红
• 来源期刊: 预防医学
• 学科: 医学
• 关键词: 结肠癌 基因芯片 差异表达基因 生物信息学
• 年，卷（期）: 2017,（11）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 1094-1097
• 页数: 4页
• 分类号: R735.35
• 字数: 2137字
• 语种: 中文
• DOI: 10.19485/j.cnki.issn1007-0931.2017.11.004

摘要

目的 筛选结肠癌的关键基因,探索结肠癌发病机制.方法 从公共基因芯片数据库(GEO)搜索有关结肠癌表达的数据,利用GEO2R筛选表达差异基因,对差异基因进行Gene Ontology(GO)富集分析、 信号通路富集分析和蛋白相互作用网络构建.结果 共纳入7套结肠癌基因芯片数据,选出在≥4个数据集中有交集的差异表达基因324个,其中上调基因61个,下调基因263个.324个差异表达基因GO富集分析发现胆汁分泌、 药物代谢-细胞色素P450、 化学致癌作用等与结肠癌的发病有关.筛选得到骨形态发生蛋白2(BMP2)、CXC趋化因子配体1(CXCL1)、CXCL12、CXCL2、 胰高血糖素(GCG)、 白细胞介素8(IL8)、 基质金属蛋白酶1(MMP1)、蛋白磷酸酶2(PHLPP2)和酪酪肽(PYY)9个与结肠癌相关的基因.结论 利用生物信息学方法能有效筛选目标基因,并可为进一步研究提供依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	何青芳		44	434	13.0	18.0
2	丁烨		4	9	2.0	3.0
3	钟要红		7	10	2.0	2.0
4	范春红		7	22	3.0	4.0
5	李迎君		5	20	3.0	4.0
6	景方圆		5	21	3.0	4.0