铁皮石斛不同部位内生细菌群落高通量分析

• 作者: 李冰 王定斌 郭丽红 陈泽斌 靳松 高熹
• 来源期刊: 河南农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 铁皮石斛 内生细菌 多样性 高通量分析
• 年，卷（期）: 2017,（11）
• 所属期刊栏目: 园艺·林学
• 页码范围: 98-102,112
• 页数: 6页
• 分类号: S567.239
• 字数: 4159字
• 语种: 中文
• DOI: 10.15933/j.cnki.1004-3268.2017.11.017

摘要

为揭示铁皮石斛不同器官中内生细菌的分布规律,应用Illumina测序平台的MiSeq高通量测序仪对铁皮石斛根、茎、叶中内生细菌的16S rDNA-V4区扩增子进行测序,对测得数据进行生物信息学分析,评价物种Alpha多样性和Beta多样性.经FLASH软件对序列进行拼接,茎、叶、根样品分别获得64 851、77 499、52 157条原始序列,经Qiime软件过滤,再剔除宿主的叶绿体和线粒体序列,最终分别得到64 742、77 351、52 064条有效序列,在97％的序列相似性水平上,这些有效序列被Uparse软件划分为61、134、112个操作分类单元(OTUs).序列比对结果表明,假单胞菌属(Pseudomonas)和食酸菌属(Acidovorax)细菌在根、茎、叶中都是优势菌,瘤胃球菌属(Ruminococcus)、Faecalibacterium属、甲基杆菌属(Methylobacterium)、希瓦氏菌属(Shewanella)细菌表现出组织专一性.丰度聚类分析及主成分分析表明,根和叶中内生细菌群落结构最为相似.铁皮石斛植株内蕴含丰富的细菌资源,其分布受组织结构及成分因素影响表现出器官差异性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李冰	中国科学院昆明动物研究所	67	409	12.0	16.0
2	高熹	云南农业大学植物保护学院	59	389	11.0	15.0
3	陈泽斌	昆明学院农学院	57	191	7.0	10.0
4	靳松	昆明学院农学院	29	96	6.0	8.0
5	郭丽红		6	27	3.0	5.0