不同生长时期梅花鹿鹿茸转录组分析

• 作者: 刘华淼 张然然 王磊 苏伟林 邢秀梅 高兵
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 梅花鹿 鹿茸 转录组 差异表达基因
• 年，卷（期）: 2017,（2）
• 所属期刊栏目: 遗传育种
• 页码范围: 235-242
• 页数: 8页
• 分类号: S825|S813.1
• 字数: 5305字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2017.02.006

摘要

本研究旨在探究不同生长时期梅花鹿鹿茸的转录组差异,丰富梅花鹿鹿茸转录组信息.选取5个生长时期(10、20、28、44、66 d)的梅花鹿鹿茸组织作为试验样品,利用Illumina HiSeqTM 2500高通量测序,并用测序评估、基因注释等生物信息学方法进行分析.结果,经过测序、转录本拼接获得了375 657条contigs,平均长度为688bp,329 946个unigenes,平均长度为534 bp.通过比对Nr、Nt、Pfam、KOG/COG、Swiss-prot、KEGG、GO等7大数据库,90.07％ unigenes得到了成功注释.其中39 674个(12.02％)基因成功注释到GO数据库,在level 2水平上共分为41个类别;17 732个(5.37％)基因成功注释到将KOG的26个类别中.对5个生长时期的鹿茸转录本文库进行比较分析,共发现了509个差异基因,其中407个差异表达基因成功注释到GO数据库中,主要为信号转导、氧化还原、转录调节、蛋白酶降解等生物学过程.其中转录调节基因PER1、EGR1的表达随着鹿茸的生长而增加,而GAS1则相反,随着鹿茸的生长而降低,推测PER1、EGR1、GAS1等转录因子在鹿茸生长过程中可能起着重要的调节作用.本研究利用高通量测序技术对不同生长时期的梅花鹿鹿茸组织进行了转录组测序和分析,筛选到了梅花鹿鹿茸在不同生长时期下的差异表达基因,并获得了差异表达基因的功能.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王磊	中国农业科学院特产研究所特种经济动物分子生物重点实验室	169	1864	23.0	36.0
2	邢秀梅	中国农业科学院特产研究所特种经济动物分子生物重点实验室	96	466	12.0	16.0
3	苏伟林	中国农业科学院特产研究所特种经济动物分子生物重点实验室	4	38	3.0	4.0
4	刘华淼	中国农业科学院特产研究所特种经济动物分子生物重点实验室	15	49	4.0	6.0
5	张然然	中国农业科学院特产研究所特种经济动物分子生物重点实验室	13	51	5.0	6.0