芸薹属作物花粉发育相关基因MS1的生物信息学分析

• 作者: 吴秀兰 唐文武 李桂花
• 来源期刊: 南方农业学报
• 关键词: 芸薹属 MS1基因 生物信息学 花粉发育 同源序列
• 年，卷（期）: 2017,（12）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·分子生物学
• 页码范围: 2122-2128
• 页数: 7页
• 分类号: S634.03
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-1191.2017.12.02

摘要

[目的]利用生物信息学分析芸薹属作物MS1基因的结构功能,为作物杂种优势利用提供理论参考.[方法]以拟南芥花粉发育关键基因AtMS1为参考序列,通过BLAST比对获得同源基因序列,运用生物信息学方法对其编码氨基酸序列进行预测分析.[结果]从甘蓝型油菜、白菜、甘蓝等芸薹属作物基因组中获得4条同源序列,与AtMS1基因的相似性在88.0%以上,均含有3个外显子,其CDS序列长度均为2004 bp,编码667个氨基酸.4个芸薹属作物MS1蛋白均含有1个植物同源结构域(Plant homeodomain,PHD),属于亲水性不稳定蛋白,定位于细胞核,磷酸化以丝氨酸(Ser)为主,以苏氨酸(Thr)和酪氨酸(Tyr)为辅;二级结构均由α-螺旋、β-转角、延伸链和无规则卷曲组成,其中α-螺旋所占比例最高,在40.00%以上,β-转角所占比例最低,仅为10.00%左右;其三级结构大致相同,均为球状的功能结构域.4个芸薹属作物MS1蛋白和AtMS1蛋白序列的相似性为95.69%.4个芸薹属作物MS1蛋白的PHD结构域序列高度保守,仅有3个位点氨基酸残基存在差异.19个不同植物的MS1同源蛋白聚为两大类,其中琴叶拟南芥、亚麻荠、萝卜的MS1蛋白与4个芸薹属作物MS1蛋白及拟南芥AtMS1蛋白聚为一类,均属于十字花科植物,即MS1蛋白的聚类结果与植物系统分类结果相吻合.[结论]芸薹属作物MS1基因属于PHD-finger基因家族,其序列高度保守,参与调控花粉发育成熟过程.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李桂花	广东省农业科学院蔬菜研究所	59	352	11.0	15.0
2	唐文武	肇庆学院生命科学学院	22	91	6.0	9.0
3	吴秀兰	肇庆学院生命科学学院	24	95	6.0	9.0