海洋沉积物中微生物基因组DNA提取方法的比较研究

• 作者: 于志刚 张玉 甄毓 米铁柱 贺惠 陈阳阳
• 来源期刊: 中国海洋大学学报（自然科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 沉积物 微生物 DNA提取
• 年，卷（期）: 2017,（6）
• 所属期刊栏目: 海洋环境与生态
• 页码范围: 17-24
• 页数: 8页
• 分类号: Q93-3
• 字数: 5635字
• 语种: 中文
• DOI: 10.16441/j.cnki.hdxb.20160246

摘要

沉积物成分复杂,腐殖酸等物质含量较高,这些杂质在DNA提取过程中不易除去,可能会对后续的PCR扩增等产生抑制作用.因此,高质量DNA的获得是海洋微生物分子生态学研究的基础和前提.本研究采用6种不同的方法,分别提取同一来源海洋沉积物样品中的微生物基因组DNA.对DNA纯度、得率、16S rRNA基因拷贝数和微生物群落特征等多方面进行比较,结果表明:方法1(QIAamp DNA Stool Mini Kit)、方法2(PowerSoil DNA Isolation Kit)和方法3(RNA PowerSoil DNA Elution Accessory Kit)得到的DNA产量较低,纯度却较高,可以直接用于后续分子生物学分析;与方法2相比,方法3得到的细菌16S rRNA基因拷贝数和单位质量DNA中可扩增细菌16S rRNA基因模板量较低;方法4(SDS高盐法)得到的DNA虽然产量高,但杂质含量也高,抑制了后续PCR反应的进行;方法5(方法4得到的DNA经QIAamp DNA Stool Mini Kit纯化)和方法6(方法4得到的DNA经PowerSoil DNA Isolation Kit纯化),虽然纯度有所提高,但DNA大量损失,且耗时长,花费高.另外,方法2在提取过程中可以最大程度裂解菌体细胞壁,能更好反映微生物群落特征.综合以上结果,方法2(PowerSoil DNA Isolation Kit)提取海洋沉积物微生物基因组DNA效果最佳.本研究可为海洋微生物分子生态学研究提供一种有效的技术手段.