骆驼斯氏副柔线虫雌虫和雄虫比较转录组学分析

• 作者: 冯陈晨 刘宁 呼和巴特尔 王文龙 红梅
• 来源期刊: 中国农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 斯氏副柔线虫 转录组 差异表达基因 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2017,（7）
• 页码范围: 61-70
• 页数: 10页
• 分类号: S858.24|S852.73+1
• 语种: 中文
• DOI: 10.11841/j.issn.1007-4333.2017.07.08

摘要

为探明骆驼斯氏副柔线虫雌虫和雄虫的转录组差异,挖掘出与性别决定相关的功能基因,采用IllumirnaHiSeqTM 2000分别对其雌虫和雄虫样本进行转录组测序,构建eDNA文库,通过建库质量评估和组装效率评估后对其进行功能注释及相关生物信息学分析.结果显示,比较雌虫和雄虫的转录本,获得6 430个差异表达基因,其中2 131个基因上调;4 299个基因下调.对差异表达基因进行GO功能分类,有341 328和714个Unigenes分别注释到生物学过程、细胞组成和分子功能三大类41个分支中.KEGG数据库分析,有1 116个差异表达基因参与到198条KEGG通路中,显著富集在机体免疫调节,卵母细胞成熟等通路.功能聚类分析中,雌虫样本在生殖发育、产卵、生殖行为中高表达;雄虫在主要精子蛋白、丝氨酸/苏氨酸特异性蛋白磷酸酶中高表达.此外,在雄虫和雌虫中筛选出Tab-3,Tab-5、Fem-1和Mog-3等10种线虫性别决定相关基因,以及8种雄性性别特异表达基因和4种雌性性别特异表达基因,这些基因在虫体性别决定和性别特异性表达中发挥重要作用.本研究利用生物信息学技术预测出雌虫和雄虫差异表达基因在功能分类和代谢通路等方面的生物学特征,挖掘出性别决定基因和性别特异性表达相关基因,为进一步开展斯氏副柔线虫的功能基因组学研究、药物靶点预测和疫苗候选基因筛选提供有价值的数据资源.