基于GEO结直肠癌芯片数据的生物信息学分析

• 作者: 温建燔 罗金现 高训锋
• 来源期刊: 国际医药卫生导报
• 关键词: 生物信息学 结直肠癌 基因芯片 差异基因
• 年，卷（期）: 2017,（8）
• 所属期刊栏目: 科研课题
• 页码范围: 1142-1146
• 页数: 5页
• 字数: 3177字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.issn.1007-1245.2017.08.011

摘要

目的 利用生物信息学分析方法,挖掘结直肠癌(CRC)的关键基因并探索其发病机制.方法 在公共基因芯片数据库(GEO)中下载结直肠癌表达谱芯片数据,在GCBI实验室中筛选出结直肠癌显著差异的基因,分别对显著差异基因作GO富集分析、KEGG通路分析、蛋白质相互作用(PPI)网络分析.进一步利用cytoscape将PPI结果建立互作模块.结果 通过差异分析得出在正常结直肠组织、结直肠腺瘤、结直肠癌中表达量逐步明显下调的基因有492个,逐步明显上调的有248个,共有740个显著差异基因.GO富集分析主要体现在各种代谢过程、细胞增殖、信号调节、RNA聚合酶Ⅱ转录因子活性等.KEGG信号通路主要富集在癌症转录失调、细胞周期及p53信号通路等.并利用互作模型筛选出CDK1、MCM2、CDC6、CCNA1、CCNB2、CDKN1B、ORC1、E2F1、CHEK1、PCNA等45个与结直肠癌发生发展关系密切的关键基因.关键基因主要富集在细胞周期、病毒致癌机理、癌症相关、p53及PI3K-Akt等信号通路.结论 通过生物信息学对基因芯片数据的分析,能获取结直肠癌的关键基因及其相关通路,为后续研究提供依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	罗金现	广东省第二人民医院普外二科	9	17	3.0	3.0
2	温建燔	广东省第二人民医院普外二科	10	22	3.0	4.0
3	高训锋	广东省第二人民医院普外二科	5	15	3.0	3.0