用生物信息学分析预测绝经后骨质疏松症核心基因与互作miRNA的研究

• 作者: 柴毅 樊巧玲 谭峰
• 来源期刊: 中国骨质疏松杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 骨质疏松,绝经后 生物信息学 蛋白互作网络 核心基因 微小核糖核酸
• 年，卷（期）: 2018,（10）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 1267-1272
• 页数: 6页
• 分类号: R34|R589.5
• 字数: 4682字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1006-7108.2018.10.002

摘要

目的 揭示参与绝经后骨质疏松症(postmenopausal osteoporosis,PMOP)生理病理过程的核心基因,并预测可能与之相互作用的微小核糖核酸(micro-ribonucleic acid,miRNA).方法 选取NCBI基因表达综合数据库基因芯片GSE57273,应用GEO2R和Morpheus分析软件获得差异基因(differentially expressed genes,DEGs),并通过DAVID(Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery)进行功能富集分析.应用STRING(Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes)、Cytoscape和MCODE(Molecular Complex Detection)软件建立蛋白相互作用网络计算DEGs的各个连接度并分析网络集簇模块.由CyTargetLinker预测与核心基因互作的miRNA.结果 本研究共获得841个DEGs,其功能主要富集于基因表达过程,细胞大分子生物合成过程等.蛋白相互作用网络共包含523个节点与2026条连线.本研究列出了前3个集簇模块,同时筛选出10个核心基因:HSP90AA1、EP300、SMARCA2、RANBP2、ASH1L、EIF4E、PTEN、CNOT6L、RPL7、KRAS,并预测出37个miRNA可与其中7个核心基因靶向性相互作用.结论 核心基因与其相互作用的miRNA的发现可能有助于了解PMOP的病理机制,或为药物的开发提供治疗靶点.同时,通过对核心基因富集功能的鉴定为PMOP建立新的科学假说提供依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	樊巧玲		91	447	11.0	15.0
2	谭峰		21	64	4.0	7.0
3	柴毅		6	1	1.0	1.0