斑马鱼肠道细菌的16S rDNA分子鉴定及PCR-SSCP分析

• 作者: YEONG Yiksung 吕爱军 孙敬锋 张超 李莉 石洪玥 胡秀彩 裴超
• 来源期刊: 大连海洋大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 斑马鱼 肠道细菌 分离鉴定 16S rDNA PCR-SSCP
• 年，卷（期）: 2018,（1）
• 页码范围: 39-44
• 页数: 6页
• 分类号: S94
• 字数: 4695字
• 语种: 中文
• DOI: 10.16535/j.cnki.dlhyxb.2018.01.007

摘要

为了解斑马鱼Danio rerio肠道细菌多样性,采用细菌分离纯化、16S rDNA基因分子鉴定技术,对斑马鱼肠道细菌进行PCR-SSCP分析.结果表明:从斑马鱼肠道分离纯化出12株细菌,分别命名为Zf1、Zf2、Zf3、Zf4、Zf5、Zf6、Zf7、Zf8、Zf9、Zf10、Zf11和Zf12,其中对7株分离菌构建pMD18-T/16S rDNA的阳性克隆测序显示,Zf1、Zf11菌株与Aeromonas veronii的16S rDNA序列一致性为99%, Zf4、Zf8菌株与Sphingomonas sp.的一致性为99%, Zf5菌株与Bacillus subtilis的一致性为99%, Zf7菌株与Aeromonas sp. M10的一致性为99%, Zf10菌株与uncultured bacterium clone GI3-M-5-G01的一致性为92%; 16S rDNA分子鉴定表明,Zf1、Zf7和Zf11属于气单胞菌属Aeromonas, Zf4、Zf8属于鞘氨醇单胞菌属Sphingomonas, Zf5属于芽孢杆菌属Bacillus, Zf10为一种新菌株;采用PCR-SSCP技术对12株细菌16S rDNA基因V3区进行多态性分析,结果显示,斑马鱼肠道细菌16S rDNA基因V3区存在多态性,其中Zf1与Zf11菌株带型一致,Zf4与Zf8菌株带型一致.本研究结果可为揭示鱼类肠道菌群结构对其生命活动的影响提供科学参考.