北戴河近岸沉积物中微生物16S rDNA的PCR-RFLP分析

• 作者: 吴利军 张兰 明红霞 林凤翱 樊景凤 陈吉平 陈立广
• 来源期刊: 海洋环境科学
• 关键词: 沉积物中微生物 间接提取法 16S rDNA克隆文库 RFLP分析
• 年，卷（期）: 2008,（5）
• 所属期刊栏目: 调查与研究
• 页码范围: 409-413
• 页数: 5页
• 分类号: Q331
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1007-6336.2008.05.003

摘要

采用间接法提取了北戴河地区近岸沉积物中微生物的总DNA,以细菌的通用引物27F和1492R扩增16S rDNA片段,将扩增产物克隆到T-载体上,并转化大肠杆菌感受态细胞,构建沉积物中细菌16S rDNA克隆文库.PCR扩增基因文库中插入的16S rDNA外源片段,用两种限制性内切酶Hha Ⅰ和Rsa Ⅰ分别酶切,获得该海洋沉积物131个克隆的酶切指纹图谱.结果表明:HhaⅠ和Rsa Ⅰ联合酶切产生了41个基因分型,文库的覆盖度达74.81%,Hha Ⅰ和Rsa Ⅰ单酶切产生的基因分型分别为30和22,但文库的覆盖度高:克隆文库中存在一种优势类群,占总克隆的23%.16S rDNA测序结果表明:北戴河近岸沉积物中的细菌在分类方面主要属于α-和γ-变形杆菌亚门.