应用SNaPshot技术对桉树SNP的检测

• 作者: 周长品 姬红霞 李发根 王莉 甘四明 翁启杰 陈升侃
• 来源期刊: 南京林业大学学报（自然科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 单核苷酸多态性 SNaPshot 遗传多样性 桉树
• 年，卷（期）: 2018,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 83-88
• 页数: 6页
• 分类号: Q722.3
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2006.2017.05055

摘要

[目的]SNaPshot是一种单核苷酸多态性(SNP)检测的多重分析技术,具有检测速度快、准确性高、成本低廉等特点.利用多重PCR技术,结合SNaPshot分型方法,在桉树中构建SNP复合分型检测体系,促进SNP技术在桉树遗传图谱构建和无性系鉴定的应用.[方法]利用桉树已有的EST序列设计引物,通过PCR产物直接测序进行SNP标记位点的开发,利用多重PCR技术和SNaPshot分型方法建立SNP复合分型检测体系,并在尾叶桉和细叶桉作图群体的两亲本和6个F1子代,以及16个国内常用的桉树无性系中进行分型检测.[结果]共设计合成12对SNP引物,分为3组(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ)建立了SNP复合分型检测体系,SNP分型情况与测序结果一致.对桉树作图群体的两个亲本和6个F1子代的分型结果进行统计,发现12个SNP标记在6个子代中均发生了分离;对桉树无性系进行多态性的分析,期望杂合度(He)为0.11～0.51、观测杂合度(Ho)为0.11～0.56,多态性信息含量(PIC)为0.10～0.37,表现为中度或低度多态性.[结论]利用多重PCR和SNaPshot技术可以快速地对桉树进行基因分型,其结果准确可靠,可以用于桉树遗传图谱的构建以及桉树无性系的鉴定等方面研究.