靶向miRNA前体不同类型sgRNA的丰度及特异性评估

• 作者: 刘海龙 周玲 杨慧 杨高娟 谌阳 谢胜松 赵长志 陈毅龙 韩晓松 高杨
• 来源期刊: 遗传
• 关键词: 猪 miRNA CRISPR/Cas9 sgRNA 敲除
• 年，卷（期）: 2018,（7）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 561-571
• 页数: 11页
• 字数: 6730字
• 语种: 中文
• DOI: 10.16288/j.yczz.17-417

摘要

CRISPR/Cas技术能高效进行基因组定点编辑,但不同细菌来源或人工改造的Cas9以及Cpf1等核酸酶识别的PAM(protospacer adjacent motif)有差异,因此不同的基因编辑核酸酶可能采用不同类型的sgRNAs(small guide RNAs).MicroRNAs(miRNAs)是一类调控性的小分子非编码RNAs,为了研究miRNA前体中是否可能存在特异性高的sgRNAs靶点,本文利用本课题组前期开发的生物信息学软件CRISPR-offinder,对靶向28645条miRNA前体的11种不同类型sgRNA的丰度及特异性进行了分析,并利用CRISPR/Cas9慢病毒技术构建了猪miR-302/367基因簇敲除细胞系,对构建的猪miRNA敲除细胞系的效率进行了检测.结果表明,每个miRNA前体中平均存在约8种不同类型sgRNA的靶点;通过评估靶向猪miRNA前体sgRNA的脱靶效应,发现其中特异性高的sgRNA仅占18.2％;通过CRISPR/Cas9慢病毒技术成功构建了猪miR-302/367基因簇敲除细胞系,发现通过该技术构建miRNA敲除细胞系的效率为40％.本研究为利用CRISPR/Cas技术靶向敲除miRNA提供了重要资源.