夏蜡梅SSR引物适用性分析及其在遗传多样性研究中的应用

• 作者: 付建新 吴静 周莉花 张超 董彬 赵宏波 黄耀辉
• 来源期刊: 南京林业大学学报（自然科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 夏蜡梅 SSR分子标记 引物筛选 适用性验证 遗传多样性
• 年，卷（期）: 2018,（3）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 58-66
• 页数: 9页
• 分类号: Q311
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2006.201712037

摘要

[目的]筛选适合夏蜡梅(Sinocalycanthus chinensis)遗传多样性分析的SSR(simple sequence repeats)引物并进行遗传多样性分析.[方法]从夏蜡梅转录组数据库组装的125 014条unigene序列中,随机选取了344对SSR引物,以夏蜡梅6个不同种群的DNA为模板,运用聚丙烯酰胺凝胶电泳法进行引物筛选,根据扩增产物带型的丰富度,筛选出具有多态性的SSR引物;挑选扩增带型数在4以上的SSR引物,进一步验证这些引物在夏蜡梅种群间和种群内的适用性;利用已验证的引物对6个夏蜡梅种群的遗传多样性和遗传结构进行分析.[结果]共有148对引物能够扩增出清晰条带,占选取引物总数的43.02％,其中29对引物具有多态性,占扩增总数的19.60％;有15对引物扩增带型数在4以上,这些引物具有更高的多态性.对这15对高多态性引物进一步分析发现,根据扩增的带型数和遗传参数,这些引物均可用于种群间遗传多样性分析;同时,这15对引物可进一步分为3类,所揭示的遗传多样性程度依次降低.在种群内遗传多样性分析时,根据带型数及其分布和遗传参数,第1类、第2类及第3类中的P004和P061在各个种群内扩增的带型数较多且分布较为均匀,具有更高的多态性;而P021、P075、P095、P098、P018等5对引物在部分种群内扩增的带型数相对较少且分布较为集中,多态性相对较低.利用15对引物分析6个种群的遗传多样性得知,夏蜡梅的总基因多样性指数(Ht)为0.625 0,各种群的基因多样性指数为0.251 8～0.400 2,Shannon's指数(I)为0.419 7～0.668 1,平均基因多样性指数(Hs)为0.323 0.[结论]此次实验结果说明夏蜡梅物种水平具有较高的遗传多样性,但各种群内遗传多样性较低.聚类分析将6个种群分为3个分支,且各分支之间遗传距离较远,种群间遗传分化系数(Gst)为0.437,种群内近交系数(Fis)为0.430,种群间基因流(Nm)为0.309 4,基于AMOVA分子方差分析,56％的变异来自种群间,44％的变异来自种群内,这说明夏蜡梅种群间遗传分化显著,种群内存在显著的近交现象,各种群间基因交流受阻.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张超	浙江农林大学风景园林与建筑学院	44	270	8.0	14.0
2	吴静	浙江农林大学风景园林与建筑学院	3	21	2.0	3.0
3	董彬	浙江农林大学风景园林与建筑学院	13	23	3.0	3.0
4	赵宏波	浙江农林大学风景园林与建筑学院	30	133	7.0	10.0
5	周莉花	浙江农林大学风景园林与建筑学院	8	32	3.0	5.0
6	黄耀辉	浙江农林大学风景园林与建筑学院	3	13	2.0	3.0
7	付建新	浙江农林大学风景园林与建筑学院	18	63	4.0	6.0