葡萄无核性状的SSR新分子标记开发及应用

• 作者: 冯建灿 刘崇怀 姜建福 孙海生 张颖 樊秀彩 马亚茹
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 葡萄 无核 QTL定位 SSR分子标记 辅助育种
• 年，卷（期）: 2018,（13）
• 所属期刊栏目: 研究简报
• 页码范围: 2622-2630
• 页数: 9页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2018.13.017

摘要

[目的]开发葡萄无核性状的SSR新分子标记,对葡萄杂种后代进行早期无核性状鉴定,为分子标记辅助育种奠定基础.[方法]对母本‘红地球’与父本‘森田尼无核’及F1代杂交群体的1 33份葡萄材料进行RAD-seq,将测序结果比对到参考基因组上;运用SAMtools软件生成CaSFS软件所需的pileup和glf文件,过滤获得亲本之间的有效SNP集;采用窗口滑动的方法,确定每个窗口的基因型,选择以每1 5个SNP为一个窗口,每次滑动一个SNP,得到每个个体的基因型并生成bin图;对生成的bin图采用拟测交的方式利用Joinmap软件进行连锁分析,构建‘红地球,与‘森田尼无核’遗传连锁图谱;用WindowQTLCartographer2.0软件进行QTL定位,在定位区间通过Perl程序语言找到符合SSR特征序列的35个SSR分子标记,用Primer premier5.0软件设计35个SSR分子标记引物对,通过HRM技术筛选亲本之间在无核性状上存在差异的SSR分子标记,并在1 31株F1代杂交群体及65个葡萄品种的自然群体中检测无核分型正确率、无核检测率、无核保持率.[结果]在‘红地球,与‘森田尼无核’构建的遗传连锁图谱上,将葡萄无核性状定位在chr18号染色体上,定位区间26 835 846-26 960 426,对无核的贡献率为77.9％,LOD阈值为26.3.亲本之间在无核性状上存在差异的SSR分子标记为VvSD10,其在111 bp等位点能对葡萄无核性状进行鉴定,利用分子标记VvSD10上的111 bp等位点通过HRM技术在葡萄F1代杂交群体及自然群体中进行葡萄无核性状的鉴定.结果表明,分子标记VvSD10在F1代杂交群体及自然群体中的无核分型正确率分别为97％、94％,其无核检测率均为56％,无核保持率分别为77％、85％.[结论]分子标记VvSD10在遗传群体及自然群体中的无核分型均能提供较高的准确信息,为无核葡萄的分子标记辅助育种奠定了基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张颖	中国农业科学院郑州果树研究所	110	1023	18.0	28.0
2	樊秀彩	中国农业科学院郑州果树研究所	117	841	16.0	24.0
3	刘崇怀	中国农业科学院郑州果树研究所	177	1714	22.0	35.0
4	孙海生	中国农业科学院郑州果树研究所	70	470	12.0	19.0
5	冯建灿	河南农业大学园艺学院	104	1937	19.0	42.0
6	姜建福	中国农业科学院郑州果树研究所	75	483	12.0	19.0
7	马亚茹	中国农业科学院郑州果树研究所	1	3	1.0	1.0