采用RNA-seq比较甘蓝型油菜矮化突变体与其高秆亲本的可变剪切

• 作者: 刘双双 牛显飞 王茂林 蒋学飞 解艳芳
• 来源期刊: 应用与环境生物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 甘蓝型油菜 矮化突变体 RNA-seq 可变剪切 苗期根
• 年，卷（期）: 2018,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 81-88
• 页数: 8页
• 分类号: Q341|S565.403
• 语种: 中文
• DOI: 10.19675/j.cnki.1006-687x.2017.04016

摘要

为了研究甘蓝型油菜的矮化机制以及植物激素与矮化的关系,用Illumina Hiseq 4000平台对苗期甘蓝型油菜矮化突变体NDF-1及其高秆亲本3529的根进行RNA-seq测序.测序数据以甘蓝型油菜基因组作为参考基因组进行比对,用TopHat软件鉴定可变剪切,其中以3S和5S类型的可变剪切为主.对鉴定出的可变剪切基因做差异基因(DEGs)表达分析,共有913个DEGs,其中矮化突变体NDF-1相对于野生型3529上调的基因数有457个,显著下调的基因有456个GO富集表明,发生可变剪切的差异基因主要功能是参与代谢过程和生物合成、细胞组分以及酶活性等过程.通过对代谢通路的富集,选取植物激素信号转导通路进行分析.该通路中的BnaCnng57860D基因中存在两个仅发生在野生高秆3529油菜中的稳定性可变剪切,而基因BnaA 05g32040D和BnaA03g50910D中发生的稳定性可变剪切仅在矮化突变体ND F-1中发现.本研究筛选出可能与油菜矮化相关的可变剪切,可为油菜矮化新品种培育研究奠定基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王茂林		80	590	14.0	21.0
2	刘双双		12	41	4.0	6.0
3	解艳芳		3	4	1.0	2.0
4	蒋学飞		4	5	1.0	2.0
5	牛显飞		3	6	2.0	2.0