应用Illumina Miseq测序分析饮用水源水中病毒多样性

• 作者: 于水利 时文歆 葛英亮
• 来源期刊: 食品科学
• 学科: 生物学
• 关键词: Illumina Miseq测序 饮用水源水 病毒 多样性
• 年，卷（期）: 2018,（2）
• 所属期刊栏目: 安全检测
• 页码范围: 287-292
• 页数: 6页
• 分类号: Q939.9
• 字数: 5119字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7506/spkx1002-6630-201802045

摘要

以东太湖水源水为研究对象,应用梯度-串联-循环-切向流超滤技术对水体中病毒进行分离浓缩,使用非序列依赖性单引物扩增技术扩增源水中病毒基因组,采用Illumina Miseq进行测序,与NCBI基因数据库进行比对,质控后获得1 190 914 928 bp基因数据,可组装成5 554条scaffolds序列,获知病毒基因组功能,经比对可注释到尾噬菌体目(Caudovirales)、疱疹病毒目(Herpesvirales)、线状病毒目(Ligamenvirales),在科的水平上,注释到40个科病毒的同源序列,其中含量较高的病毒科为Microviridae占27.590 1％,Siphoviridae占23.010 7％,Phycodnaviridae占5.322 2％,Retroviridae占1.691 2％,Mimiviridae占1.960 8％,其中无法注释(norank)占21.572 8％,102 112条reads在科水平上norank,研究可以高通量的获得水源水中病毒多样性信息,并为水体中病毒的检测提供理论参考依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	于水利	哈尔滨工业大学市政环境工程学院	129	2025	26.0	35.0
5	时文歆	哈尔滨工业大学市政环境工程学院	30	230	9.0	13.0
6	葛英亮	哈尔滨学院食品工程学院	22	119	6.0	9.0