基于cis-SNP的多位点关联性分析方法比较及其在基因表达中的应用

• 作者: 安书仪 曾平 王鸣岐 黄林玉 黄水平
• 来源期刊: 中国卫生统计
• 关键词: 全基因组关联研究 遗传变异 关联性分析 测序数据 基因表达
• 年，卷（期）: 2018,（5）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 695-698
• 页数: 4页
• 字数: 3248字
• 语种: 中文

摘要

目的 比较不同SNP集合方法检验常见变异和罕见变异与基因表达的关联,期望找到高效和稳健的统计方法.方法 对比Burden、SKAT、SKAT-O、MiST、ReLRT和GGRF等方法,通过GEUVADIS数据基因型和基因表达数据建立模拟研究,比较不同方法的一类错误率、统计效能及运算时间.基于常见和罕见cis-SNP,进一步通过GEUVADIS数据比较各种方法鉴别表达基因的能力.结果 模拟显示各种方法在不同变异位点个数下均能很好控制第一类错误,其中ReLRT和MiST的统计效能最高,MiST运算时间最短.在GEUVADIS数据分析中,ReLRT找到的表达基因最多.结论 各种检验方法基本都能有效控制第一类错误.模拟和实例数据显示ReLRT具有更高的检验效能,但计算速度较慢.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	黄水平	徐州医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室	21	70	6.0	8.0
2	曾平	徐州医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室	12	13	2.0	3.0
3	安书仪	徐州医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室	5	11	2.0	3.0
4	王鸣岐	徐州医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室	3	2	1.0	1.0
5	黄林玉	徐州医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室	2	0	0.0	0.0