限制性两阶段多位点全基因组关联分析方法的特点与计算程序

• 作者: 贺建波 刘方东 邢光南 王吴彬 赵团结 管荣展 盖钧镒
• 来源期刊: 作物学报
• 关键词: 限制性两阶段多位点全基因组关联分析 连锁不平衡区段 多位点模型 QTL-allele矩阵 种质资源群体 优化组合设计
• 年，卷（期）: 2021,（9）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 1274-1289
• 页数: 15页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1006.2018.01274

摘要

全基因组关联分析(genome-wide association study, GWAS)的理论及应用是近十几年来国内外数量性状研究的热点, 但是以往GWAS方法注重于个别主要QTL/基因的检测与发掘。为了相对全面地解析全基因组QTL及其等位基因构成, 本研究提出了限制性两阶段多位点GWAS方法(RTM-GWAS, https://github.com/njau-sri/rtm-gwas)。RTM-GWAS首先将多个相邻且紧密连锁的SNP分组, 成为具有多个单倍型(复等位变异)的连锁不平衡区段(SNPLDB)标记, 然后采用两阶段分析策略, 基于多位点复等位变异遗传模型, 在节省计算空间的条件下保障全基因组QTL及其复等位变异检出的精确度。和以往GWAS方法相比, RTM-GWAS以性状遗传率为上限, 能够较充分地检测出QTL及其相应的复等位变异并能有效地控制假阳性的膨胀。由其结果建立的QTL-allele矩阵代表了群体中所研究性状的全部遗传组成。依据这种QTL-allele矩阵的信息, 可以设计最优基因型的遗传组成, 预测群体中最优化的杂交组合, 并用以进行群体遗传和特有与新生等位变异的研究。本研究首先对RTM-GWAS方法的特点和计算程序功能进行说明, 然后通过大豆试验数据说明RTM-GWAS计算程序的使用方法。