基于RNA-Seq的拟南芥不定芽再生过程的基因表达谱分析

• 作者: 向亚男 甘立军 顾婷婷 黄蕊蕊
• 来源期刊: 南京农业大学学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 拟南芥 不定芽再生 两步培养法 RNA-Seq 基因表达 植物激素
• 年，卷（期）: 2018,（2）
• 所属期刊栏目: 生物与环境
• 页码范围: 308-320
• 页数: 13页
• 分类号: Q789
• 字数: 10742字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7685/jnau.201703026

摘要

[目的]本研究旨在分析拟南芥愈伤组织形成和不定芽再生2个阶段基因的差异表达情况,探究不定芽再生背后的相关基因调控机制.[方法]采用拟南芥不定芽再生两步培养法培养根外植体,利用RNA-Seq高通量测序技术分别对愈伤组织诱导培养基(CIM)培养0 d根外植体(C0)、CIM培养4 d根外植体(C4)、芽诱导培养基(SIM)培养3 d根外植体(S3)进行基因测序,利用软件分析基因表达情况.[结果]将C4的基因表达量和C0进行比对,共检测到4332个差异表达基因,其中1399个基因表达上调,2933个基因表达下调;在不定芽再生阶段(S3与C4的基因表达量进行比对)检测到2910个差异表达的基因,其中2231个基因表达上调,679个基因表达下调.对差异表达基因进行转录物功能注释分析发现:明显富集的功能分类多与激素合成、代谢等生物过程有关.在愈伤组织形成阶段一些与细胞分裂素分解代谢相关的CKX基因和与生长素活性相关的GH3家族基因表达量明显增加,而与细胞分裂素合成相关的多个基因表达量却明显降低.在不定芽再生阶段与细胞分裂素合成相关基因表达量明显增加,CKX家族部分成员表达量则明显降低.同时,还发现多个转录因子基因表达量在不同阶段发生显著变化,比如AP2/EREBP家族的部分成员.[结论]对拟南芥不定芽再生过程基因表达谱进行检测和对比分析,获得了大量基因表达谱分析数据,为揭示不定芽再生过程的基因调控机制提供了有效的数据和理论依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	甘立军	南京农业大学生命科学学院	38	483	13.0	21.0
2	向亚男	南京农业大学生命科学学院	1	2	1.0	1.0
3	黄蕊蕊	南京农业大学园艺学院	1	2	1.0	1.0
4	顾婷婷	南京农业大学园艺学院	4	25	2.0	4.0