基于RNA-seq的基因训练集构建方法

• 作者: 刘金定 段荣静
• 来源期刊: 数据采集与处理
• 学科: 工学
• 关键词: 生物信息学 基因结构 RNA-seq 蛋白同源 训练基因集
• 年，卷（期）: 2018,（4）
• 页码范围: 637-645
• 页数: 9页
• 分类号: TN713|Q751
• 字数: 6894字
• 语种: 中文
• DOI: 10.16337/j.1004-9037.2018.04.008

摘要

针对基因组新测序物种缺乏高质量的基因结构用于从头预测软件训练的现状,本文提出了一种以新测序物种自身RNA-seq组装为基础的可靠基因训练集构建方法(Building reliable training gene set ,BRTGS) .该方法利用RNA-seq组装获得大量初始基因结构,然后根据蛋白同源证据筛选具有正确且编码区相对完整的基因结构,最后综合利用RNA-seq组装结构和蛋白同源证据统计信息确定的基因起始密码子和终止密码子位置,从而获得基因完整的编码结构.实验结果表明,该方法不仅可为各种组装水平的基因组构建高质量的基因训练集,而且从头预测软件在这些基因集上训练后能够获得很好的预测性能.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘金定	南京农业大学领域知识关联研究中心	15	77	4.0	8.0
2	段荣静	南京农业大学领域知识关联研究中心	5	10	1.0	3.0