胃腺癌预后基因的筛选和分析

• 作者: 曹夏 高丽娟
• 来源期刊: 山西医科大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: TCGA数据库 胃腺癌 R语言 三磷酸腺苷酶家族蛋白2 纤溶酶原激活物抑制因子1
• 年，卷（期）: 2018,（5）
• 所属期刊栏目: 基础医学
• 页码范围: 476-481
• 页数: 6页
• 分类号: R735.2
• 字数: 2734字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13753/j.issn.1007-6611.2018.05.005

摘要

目的 通过对TCGA数据库中胃腺癌测序数据进行分析,找出预后相关的基因.方法 通过R语言edgeR包筛选差异基因(FC>2,P<0.05),经DAVID在线软件对差异基因进行GO和pathway富集分析后(FDR<0.01),利用R语言sur-vival包对预后相关基因进行Cox回归分析,筛选出与预后相关的基因,结合Oncomine数据库将这些基因与其他胃癌研究中的表达情况进行结果比较.结果 得到1634个差异基因,其中上调差异基因857个,下调差异基因777个,GO分析发现差异基因主要集中于消化吸收(GO:0007586),细胞外基质蛋白(GO:0005578),激素活性(GO:0005179),角质化包膜(GO:0001533),结构分子活性(GO:0005198),表皮发育(GO:0008544),蛋白质水解(GO:0006508),肽交联(GO:0018149)等生物过程,Pathway分析差异基因主要涉及细胞色素P450对有害物质的代谢(hsa00980),化学致癌(hsa05204),脂肪消化与吸收(hsa04975),甾类激素的生物合成(hsa00140),蛋白质的消化与吸收(hsa04974)等生物通路,通过Cox生存分析发现ATAD2和SERPINE1的高表达对患者的预后有显著影响.结论 通过对TCGA数据库中胃腺癌的表达数据分析研究,选出两个与该疾病预后密切相关的基因ATAD2和SERPINE1,为该疾病的早期诊断治疗和靶向药物的开发提供重要理论依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	高丽娟	山西医科大学生理学系	5	5	2.0	2.0
5	曹夏	山西医科大学基础医学院	1	2	1.0	1.0