生物信息学分析筛选肺腺癌靶基因及评估预后的价值

• 作者: 张菁 郑琳琳 黄琪峰
• 来源期刊: 医学信息
• 学科: 医学
• 关键词: 肺腺癌 差异表达基因 生物标志物 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2019,（22）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 62-65
• 页数: 4页
• 分类号: R734.2
• 字数: 2646字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1006-1959.2019.22.020

摘要

目的 基于生物信息学分析筛选肺腺癌靶基因及评估预后价值.方法 对三个数据集(GSE118370、GSE32863、TCGA-LUAD)分别使用limma和edgeR包筛选出肺腺癌差异表达基因,对共同差异基因进行功能富集分析,通过String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,采用Cytoscape进行可视化分析并用其插件cytoHubba来筛选关键基因,采用Kaplan-Meier曲线进行总体生存分析.结果 共224个共同差异基因,其中上调基因34个,下调基因190个.共同差异基因在血管生成、白细胞调节、免疫反应等生物学过程富集.通过从PPI网络中筛选出8个关键基因,分别为IL6、VWF、PECAM1、SPP1、CDH5、CXCL12、TIMP1、CLDN5.生存分析显示,PECAM1与LUAD的预后有关.肿瘤组织中PECAM1表达高于正常组织,差异有统计学意义(P＜0.05).结论 PECAM1是一种与肺腺癌预后相关的新的生物标志物,有望成为肺腺癌的一个治疗的靶点.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张菁	浙江大学医学院附属邵逸夫医院药学部	14	43	3.0	6.0
2	黄琪峰	浙江大学医学院附属邵逸夫医院药学部	3	0	0.0	0.0
3	郑琳琳	浙江大学医学院附属邵逸夫医院超声科	3	0	0.0	0.0