应用1号染色体替换系小鼠优选血脂QTLs内功能基因

• 作者: 周宇荀 徐福意 朱豆豆 李凯 肖君华 胡世贤 陆佳涛 陈科
• 来源期刊: 现代生物医学进展
• 学科: 医学
• 关键词: 血脂QTLs 染色体替换系 表达差异蛋白编码基因 功能突变基因 GWAS
• 年，卷（期）: 2018,（17）
• 页码范围: 3218-3223
• 页数: 6页
• 分类号: R-33|Q75|Q493.5
• 语种: 中文
• DOI: 10.13241/j.cnki.pmb.2018.17.004

摘要

目的:利用野生小鼠来源 1 号染色体替换系 B6-Chr1SJ 和受体品系 C57BL/6J(B6)筛选已知相关数量性状基因座(quantitative trait loci, QTL)内表达差异蛋白编码基因和功能突变基因,再结合人类全基因组关联分析(genome wide association study, GWAS)数据和相关文献优选出候选基因.方法:采用表达谱芯片技术对 B6-Chr1SJ 和B6 进行肝脏基因表达谱检测;运用 Transcriptome Analysis Console 软件从基因水平进行表达差异分析,鉴定出表达差异蛋白编码基因;运用 Ensembl Variant Effect Predictor 软件对 B6-Chr1SJ 小鼠 1 号染色体上的遗传变异进行功能注释,鉴定功能突变基因;利用小鼠系统遗传学资源数据库,筛选出已鉴定的血脂相关 QTLs;利用 bedtools 中的intersectbed 将鉴定的表达差异蛋白编码基因及功能突变基因与已鉴定的QTLs区段进行比较,并结合人类 GWAS 数据和相关文献优选出血脂相关候选基因.结果:在血脂相关 QTLs 内,共筛选出34个差异表达蛋白编码基因,分别有32、11 和20个位于胆固醇(cholesterol, CHOL)、高密度脂蛋白胆固醇(High-density lipoprotein cholesterol,HDL-C)、低密度脂蛋白胆固醇(Low-density lipoprotein cholesterol, LDL-C)相关的QTLs 内;共筛选出 47个功能突变基因,分别有21、41 和14个位于 CHOL、HDL-C、LDL-C 相关的QTLs 内.在上述基因中,共优选出两个候选基因.其中,Marc1 在人类 GWAS 研究中为阳性位点,Soat1 已有报道与小鼠血脂代谢有关.结论:Marc1 和Soat1 可能是引起 B6-Chr1SJ 血脂异常的功能基因,其中 Marc1 未明确报道与血脂代谢相关,可作为候选基因进行进一步的功能验证.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	肖君华	东华大学生物研究所	58	137	7.0	9.0
2	李凯	东华大学生物研究所	58	122	6.0	9.0
3	周宇荀	东华大学生物研究所	53	102	6.0	9.0
4	陈科	东华大学生物研究所	4	42	2.0	4.0
5	朱豆豆	东华大学生物研究所	3	0	0.0	0.0
6	陆佳涛	东华大学生物研究所	2	0	0.0	0.0
7	徐福意	东华大学生物研究所	8	6	1.0	2.0
8	胡世贤	东华大学生物研究所	4	0	0.0	0.0