大豆幼根差异表达基因GmSTPP-r的克隆及生物信息学分析

• 作者: 孟祥鹏 宋阳 张林 王丕武 金羽琨
• 来源期刊: 分子植物育种
• 关键词: 大豆 GmSTPP-r 基因克隆 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2018,（20）
• 所属期刊栏目: 基因组学及功能基因
• 页码范围: 6545-6550
• 页数: 6页
• 语种: 中文
• DOI: 10.13271/j.mpb.016.006545

摘要

为分离克隆幼苗期大豆根系重要功能的基因,丰富其理论,从大豆吉农18根系突变体的苗期根系中克隆GmSTPP-r基因的cDNA序列,对其编码的氨基酸序列、系统进化树、蛋白质理化性质、基因编码蛋白的亲疏水性、蛋白的二级结构、跨膜结构及信号肽、等进行了生物信息学分析,并与已报道的大豆丝氨酸/苏氨酸蛋白磷酸酶(XM_014764732)进行对比.结果如下:利用RT-PCR技术克隆得到长度为935 bp的目的基因片段GmSTPP-r.通过生物信息学分析得知该基因与水萝卜、藜麦间的亲缘关系较近.该基因编码305个氨基酸,是疏水性的碱性蛋白.二级结构预测显示具有α-螺旋(37.70％)、无规卷曲(29.84％)、延伸链区(25.25％)和β-转角(7.21％),无其他二级结构.该基因编码的蛋白不具有信号肽,且无跨膜结构.亚细胞定位预测该基因定位于线粒体内.本研究克隆了基因GmSTPP-r,为该基因进一步研究提供材料,同时利用生物信息学分析预测,为进一步分析鉴定该基因的功能提供理论依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王丕武		249	1853	20.0	32.0
2	宋阳		22	36	4.0	5.0
3	金羽琨		2	0	0.0	0.0
4	张林		2	0	0.0	0.0
5	孟祥鹏		2	0	0.0	0.0